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近5年来,学校承担各级各类科研项目7000余项,其中国家重点研发计划、国家科技重大专项、国家自然科学基金重点和一般项目、国家社会科学基金重点和一般项目、国家软科学研究计划项目等重点科研项目750余项,年均科研经费超过2.2亿元;有120余项科研成果获省部级及以上奖励。其中,获国家科学技术进步特等奖1项,二等奖1项;获省部级科技奖励一等奖13项,二等奖33项,三等奖37项;获国家级社会科学奖励1项,省部级社会科学奖励一等奖4项,二等奖7项,三等奖34项;获授权发明专利累计近1200余项;公开出版学术专著、译著、教材800余部,年均公开发表学术论文近3000篇,其中被三大检索收录、人大复印资料转载的论文950余篇;有1000多项技术开发成果被应用于水利电力行业和地方。学校主办有《三峡大学学报(自然科学版)》《三峡大学学报(人文社会科学版)》《三峡论坛》等学术期刊。